2004年,中央21号文件明确,改革有关部门、企业管理公检法的体制,将铁路公检法纳入国家司法管理体制。2009年,铁路司法系统改革开始启动。改革从当前实际需要和今后长远发展考虑,为保障铁路公检法机构依法独立行使司法权力,保证其执法合法性、权威性和公正性,提出了具有可操作性的意见。

理顺体制方面:将铁路公安从铁路运输企业中全部分离,一次性整体纳入国家司法管理体系,由铁道部、公安部双重领导,其主要职能仍然是维护铁路的治安秩序,保证铁路运输的安全畅通。将铁路法院、检察院一次性移交给驻在地的省、自治区、直辖市党委和高级人民法院、省级人民检察院,实行属地管理,现有所有资产一并移交。

编制经费保障方面:为铁路公检法核定政法专项编制,其现有人员过渡事宜按照管理权限,由中央或有关省级公务员主管部门根据公务员法组织实施；经费由中央财政统一保障。

截至目前,铁路公安系统改制工作已全部完成。